여주에서 발견되는 주요 해충은 목화바둑명나방, 목화진딧물, 복숭아혹진딧물, 오이총채벌레, 대만총채벌레, 애긴노린재, 변색장님노린재, 뿌리혹선충 등이 있다.
주요 식물병은 노균병, 흰가루병, 역병, 덩굴쪼김병, 탄저병, 점무늬병, 검은썩음병, 여주황색모자이크바이러스, 여주빗자루병 등이 있다.

목화바둑명나방은 알에서 갓 깨어난 작은 애벌레이며 잎 뒷면에서 잎과 과피를 갉아먹는다. 또 성장하면 잎을 말고 그 속에서 잎줄기만 남기고 모두 갉아먹는다.
애벌레 발생량은 많지 않지만 최근에 시설재배 면적의 증가로 그 피해가 점차 증가하고 있다. 애벌레의 머리는 옅은 녹갈색이고 몸은 연녹색이다. 등면의 좌우에 2줄의 선명한 흰 선이 머리 뒤쪽에서부터 배의 끝마디까지 연결되어 있는 것이 특징이다. 성충은 밤에 활동하며 잎 뒷면에 점점이 1~7개씩 알을 낳는다.

애벌레는 수박·오이·참외·멜론· 호박 등의 박과 작물과 목화·아욱·뽕나무·벽오동·무궁화· 송악 등도 가해한다.

목화진딧물은 약 130종 이상의 기주식물이 기록되어 있으며 약 50여 종의 바이러스를 매개하는 것으로 알려져 있다. 목화진딧물은 무궁화·개오동나무·석류나무·부용나무·목화·오크라 등에서 겨울눈이나 나무껍질에서 월동 알로 겨울을 지낸다.
4월 중·하순에 간모가 되면 수 세대의 단위생식 과정 후 유시형 진딧물이 발생하며 이 유시형 진딧물이 이차기주로 이동하여 같은 해 가을까지 연속적인 단위생식 세대를 유지한다.

 안정준 연구사의 <여주의 병해충>에 대해에 대해 <팜&마켓매거진 1월호>에서 자세히 볼 수 있습니다.