생육 상태가 뒤처지는 어린 모종이나 지난해와 같은 곳에 이어짓기한 경우 병이나 습해가 더 잘 발생한다.
 양파잘록병에 걸리면 땅과 맞닿은 모종 줄기가 잘록해지면서 잎이 갈색으로 변하며, 말라 죽게 된다.
양파잎마름병의 경우, 모종의 잎 끝에 난 상처를 통해 감염된다. 잎의 끝이 쭈글쭈글해지며 마른다. 잘록병과 달리 양파의 전 생육기에 걸쳐 피해가 이어지므로 예방이 중요하다.

아주심기 후 초기까지는 양파 뿌리를 파먹는 고자리파리류, 뿌리에 해를 입히는 뿌리응애 피해가 나타날 수 있다.

양파잘록병과 양파잎마름병 예방을 위한 방제용 살균제를 뿌리면 도움이 된다.
 고자리파리류와 뿌리응애 피해를 입었던 농가는 아주심기 전에 토양 살충제를 뿌리거나, 아주심기 후 방제용 살충제로 방제한다.

병뿐 아니라 잦은 비로 물 빠짐이 좋지 않은 곳은 습해를 주의해야 한다.
 습해를 본 양파 모종은 잎이 노랗게 변하면서 뿌리 부위가 갈색으로 변해 말라 죽는다. 두둑이 평평하지 못하거나 고랑을 깊게   파지 않았을 경우와 배수가 좋지 않은 곳에서 더 많이 발생한다.
 습해를 줄이려면 고랑에 물이 고이지 않도록 깊게 파서 두둑을 높여 관리한다.

 농촌진흥청 국립원예특작과학원 최병렬 원예특작환경과장은 “양파  모종 병해충 관리와 습해 예방으로 건강한 모종을 생산할 수 있다.”라고 전했다.