벼가 물에 잠기면 여무는 단계에 따라 피해 양상도 달라진다.

유숙기나 호숙기라면 등숙률(여뭄 비율), 종실중 감소로 수량이 줄고, 분상질립·싸라기가 늘어 품질이 떨어진다.

수량 감소는 호숙기보다 유숙기에 크다. 유숙기보다 조금 더 여문 상태인 호숙기에 피해를 입을 경우 품질이 많이 떨어진다.

황숙기 후에는 수확 전 이삭에서 싹이 트는 수발아가 나타난다.  그 결과 분상질립 또는 싸라기가 늘어 도정률도 줄어든다.

 싹이 1mm 이하로 수발아한 종자의 도정률은 8%까지 낮아진다. 1mm∼3mm일 때는 13%, 3mm∼1cm이면 24 %, 1cm∼1.5cm이면 26% 도정률이 감소한다.

농촌진흥청(청장 김경규)은 최근 잦아진 국지성 호우로 벼의 일부 또는 전부가 물에 잠기는 침관수 발생 시 피해를 최소화 할 수 있는 관리 요령을 제시했다.

벼 침관수 예방의 기본은 하천 정비다. 재배 시 피해를 줄이기 위한 주요 대책으로는, 침관수 된 벼의 흙앙금과 오물을 씻어내면 방치해 둔 벼보다 수량 감소가 적다. 씻어줄 경우, 유숙기에는 14∼20%, 호숙기에는 9∼14%, 황숙기에는 2∼5%가 수량이 덜 줄었다.

또 침관수 된 벼는 뿌리의 활력이 저하상태에 있기 쉽다. 그러므로 퇴수 후 물을 말리지 말고 산소가 풍부한 맑은 물을 여러 번 갈아 넣어 새 뿌리의 발생을 돕도록 해야 한다.

침관수 지역은 벼 흰잎마름병의 발생우려가 크므로 물이 빠진 후 벼 흰잎마름병 방제 약제를 뿌려준다.
침관수 벼에 살균제인 다코닐수화제와 베노밀 수화제, 생장조정제인 에세폰액제를 이삭에 뿌려주면 등숙률을 높여 쌀 수량이 5∼28% 늘어난다.