대부분의 농가는 약용작물 종자를 직접 받은 뒤 보관했다가 이듬해에 뿌리기 때문에 수확 후 관리 방법을 잘 알고 있어야 한다.
특히, 약용작물은 종류에 따라 특성이 다르기 때문에 종자 보관 조건도 온도나 장소에 따라 관리하는 방법이 다르다.
종자 저장은 크게 건조 저장과 습윤 저장으로 나눌 수 있다.
황기와 도라지, 삽주 등의 종자는 건조하고 바람이 잘 통하는 곳에 두거나, 수분 함량 변화가 적도록 2∼4℃로 냉장 보관해야 발아력이 유지됩니다. 종자는 비닐이나 종이봉투에 넣어둔다.
작약, 오미자처럼 단단한 껍질이 있거나 겨우내 잠자는(휴면) 경우 종자가 마르지 않도록 젖은 모래나 흙으로 수분을 유지해 줍니다. 이러한 습윤 저장은 다시 종자와 모래를 섞어 땅에 묻는 ‘노천매장’과 종자와 모래를 켜켜이 쌓는 ‘층적저장’으로 나눈다.
종자를 받은 이듬해에 파종해야 발아력이 좋으며, 수년 씩 보관하게 될 경우 발아력도 떨어진다.
더불어, 발아에 알맞은 온도를 감안해 파종 시기를 결정하는 것도 발아율을 높이는 데 도움된다. 
일반적으로는 약용작물은 20∼25℃에서 가장 발아율이 높기 때문에 4월 이후에 파종한다. 그러나 당귀나 작약, 속단은 15∼20℃에서 발아율이 높은 저온 발아성 종자로, 이 경우엔 이른 봄에 씨를 뿌리는 것이 좋다.
파종 전 발아율을 높이기 위해선 4℃ 정도의 냉장 시설에서 저온처리를 하거나, 일정 기간 종자를 물에 담가 수분을 흡수시키는 침종처리, 종자발아를 촉진하는 생장조절제 처리 등이 있다.
농촌진흥청 국립원예특작과학원 장재기 약용작물과장은 “다음 해 생산량과 품질을 높이려면 각 작물별로 겨울철 종자 관리 방법을 꼼꼼히 따져보는 것이 중요합니다.”라고 조언했다.
